Es la autoridad suprema de la AFA. Entre sus atribuciones más salientes se destacan: elegir a los miembros del Comité Ejecutivo y al Presidente de la Institución; considerar anualmente la Memoria, el Balance General, el Inventario y la Cuenta de Recursos y Gastos; autorizar la compra o venta de inmuebles y gravarlos, hipotecarlos o permutarlos; fijar el monto máximo de los créditos y/o préstamos que el Comité Ejecutivo podrá solicitar y obtener en bancos u otras instituciones de créditos oficiales o privadas, como así también el monto máximo de préstamos que el Comité Ejecutivo podrá otorgar a las instituciones afiliadas; disolver la AFA o modificar su estructura, de acuerdo a las leyes nacionales vigentes en su momento. Está compuesta por las Instituciones directamente afiliadas que integran las distintas divisiones, como así también por los Clubes indirectamente afiliados que participan en los torneos de las Categorías Primera y Primera B Nacional; y las Ligas Afiliadas. La componen un Presidente y 49 miembros: uno por cada club de Primera; 8 de la Primera B Nacional; 7 de las Ligas Afiliadas; 7 de la Primera División B; 4 de la Primera División C y 3 de la Primera División D. El titular de la AFA es el Presidente natural de la Asamblea, del Comité Ejecutivo y del Consejo Federal.